Kemudian pada GP Belanda 1992, Doohan mengalami cedera dan harus absen hingga empat seri.
Gelar juara di depan mata pun mau tidak mau diserahkan kepada Wayne Rainey (Yamaha), walaupun ia kembali tampil pada dua seri terakhir.
Semusim setelahnya atau pada 1993, ia tidak bisa balapan dengan maksimal karena pengaruh cedera di musim sebelumnya.
Honda pun berinisiatif untuk membantu Doohan keluar dari masalah cedera yang membelenggunya, yang mana sistem pengreman belakang NSR500 dimodifikasi dengan menggunakan tuas rem jempol.
Baca Juga: Lebih Ketat! Ini Aturan Untuk Datang ke Tes Pramusim MotoGP 2021 di Sepang
Hal itu pun lantas memberikan dampak yang begitu besar, mengingat Doohan kembali meraih gelar demi gelarnya dengan NSR500 tanpa menggunakan rem dengan kakinya.
Ia juga meraih 5 gelar juara dunianya dengan menggunakan rem jempol sob.