Tahun 2009 atau saat berusia 12 tahun, dia mengendarai motor yang sedikit lebih besar dengan persneling.
Dia memenangkan balapan 50 cc pertamanya dengan ZPF di Viterbo, Italia tengah.
Pecco sukses di balap Minimoto, menjadi runner-up di kejuaraan Italia dan merebut gelar di kejuaraan MiniGP Eropa.
Baca Juga: Gabung Tim Pabrikan Ducati, Francesco Bagnaia Ogah Disamakan dengan Sang Guru Valentino Rossi
Ingin mengembangkan bakatnya, Francesco Bagnaia beralih ke Spanyol, pada tahun 2010 dia memfokuskan aktivitasnya di di sana di bawah bimbingan Emilio Alzamora.
Emilio Alzamora adalah mantan pembalap GP asal Spanyol, yang aktif pada 1994 sampai 2003, juata dunia GP 125 cc pada 1999.
Pecco yang sering bolak-balik dari antara Spanyol dan Italia, mengikuti kejuaraan kelas 125 cc di Mediterania pada 2010 dan finish runner-up.