Masih di kelas GP 125, Bautista berhasil mendapatkan podium juara satu untuk pertama kalinya pada tahun 2006 dengan menjuarai GP Spanyol.
(Baca juga: Sempat Pede Banget Jelang MotoGP Inggris, Valentino Rossi Malah Pesimis Karena Ini)
3. Juara dunia GP 125 cc
Di tahun 2006 ia meraih juara dunia dengan delapan kali podium pertama dari 16 balapan yang ada pada musim tersebut.
Dia berhasil menjadi juara dunia GP 125 cc saat seri Australia bersama tim Aspar.
Gelar juara dunia ia raih setelah 18 tahun sebelumnya gelar tersebut didapat oleh Jorge Martinez Aspar.
4. Podium pertama di GP 250 cc
Pada tahun 2007, Bautista naik kelas ke GP 250 cc dan berhasil meraih podium pertamanya pada seri Italia.