Untuk Seksi II Purwomartani-Gamping sepanjang 23,43 km juga terbagi menjadi 2 paket, yaitu Paket 2.1 Purwomartani-Monjali sepanjang 9,43 km dan paket 2.2 Monjali-Gamping sepanjang 14 km yang ditargetkan selesai konstruksi pada 2025 mendatang.
Khusus untuk Purwomartani hingga Maguwoharjo sepanjang 3,63 km dan Trihanggo hingga Junction Sleman sepanjang 3,25 km ditargetkan selesai konstruksi pada 2024.
Selanjutnya untuk Seksi III Gamping - Purworejo sepanjang 30,77 Km terbagi menjadi Paket 3.1 Gamping-Wates sepanjang 17,45 km dan Paket 3.2 Wates-Purworejo sepanjang 13,32 km.
Saat ini, Seksi II dan III masih dalam tahap persiapan pekerjaan fisik dengan target selesai pada kuartal 4 tahun 2025 mendatang.